Die Hauptaufgabe der Mitglieder der Fachkollegien ist es, die bei der DFG eingereichten Förderanträge in ihren jeweiligen Fächern nach einem einheitlichen Maßstab wissenschaftlich zu bewerten. Sie formulieren eine abschließende Entscheidungsempfehlung, die zusammen mit den Anträgen den zuständigen Entscheidungsgremien der DFG vorgelegt wird. Die Fachkollegien werden alle vier Jahre von den promovierten Wissenschaftlern in Deutschland gewählt und stellen ein wichtiges Instrument der akademischen Selbstverwaltung dar. In der Fachkollegienwahl 2011 konnten mehr als 110.000 Wahlberechtigte jeweils sechs Stimmen für die Fachkollegiatinnen und -kollegiaten der Amtsperiode 2012-2015 abgeben.
Professor Brakhage wurde zum zweiten Mal in das Fachkollegium gewählt. In seiner eigenen wissenschaftlichen Arbeit befasst er sich mit der Auslösung von Krankheiten durch Pilze und deren Bekämpfung mit neuen Naturstoffen aus Mikroorganismen. Auf der konstituierenden Sitzung des DFG-Fachkollegiums wählten ihn die Mitglieder zum Sprecher.